實驗動物房要設置在遠離廠區散發大量粉塵、煙氣和腐蝕性氣體及噪聲的僻靜區域，若不能避免，應位于夏季小頻率風向的下風側或位于嚴重空氣污染源的上風側，并與生活區保持大于50m的距離；動物實驗區的設施應與飼養繁育區分開設置，不同品種、品系的實驗動物以及不同來源的動物不應在同一間飼養，應該分設不同的飼養間；實驗室應設置觀察小室；應考慮預留一定數量的備用房間，以便假期輪流對房間進行消毒清理；動物繁育、生產和實驗室通風空調系統應保持正壓操作，合理組織氣流，實驗動物房應具備應急電源。

實驗動物房的區域可劃分為：動物實驗區，包括緩沖間、實驗飼育間、清潔物品儲藏室、污物走  廊、清潔走廊；輔助區，包括倉庫、洗刷間、廢棄物品存放處理間、機械設備室、淋浴間、工作人員休息室、密閉式實驗動物體冷藏存放間；前區包括辦公室、維護室、庫房、飼料室、一般走廊；繁育生產區，包括隔離檢疫室、污物走廊、清潔走廊。為了防止昆蟲進入，出入口要設置昆蟲屏障，與外界直接聯系的門窗要設置窗紗；為防止動物外逃，至少在所有外部出入口處要設置屏障，對此類動物，高度不低于40cm；實驗動物房不宜太高，飼育間和實驗室高一般為2.4-2.6m，技術夾層高為2.2-2.4m，實驗動物房層高為4.8m左右；走廊寬度不應小于1.5m，門寬不應小于1.0m，動物房最好設三個人出入口，人員進出、清潔物進入、污物排出三個門，并且三個門之間保持一定距離，最好在三個不同的方向。

屏障環境強調人流、物流、動物流分開，并循單向路線流動，清污分流，做到凈化、滅菌、防蟲，人員進入動物房要洗澡、更衣后進入清潔走廊，由清潔走廊再進入飼育室或實驗室，然后循污物走廊出去；清潔物經脫外包裝后進入洗刷間清洗，通過雙扉高壓消毒柜消毒，而不能高壓消毒的物品必須經傳遞艙或渡槽進入，清潔物品首先儲藏于清潔物品儲藏間，再循清潔走廊到達每一個飼育室或實驗室。